微生物基因組測序
微生物廣泛存在于自然界中，與人類的生產和生活息息相關。微生物生物多樣性豐富，基因組具有相對較小、重復序列較高、易于突變等特點，因此很必要對微生物進行全基因組測序，而且同動植物相比較在時間和成本上也容易實現。目前，全基因組測序成為微生物遺傳進化、疾病預防控制、生物工程技術等方面重要的研究和開發手段。
眾所周知，基因組測序最主要的難度在于基因組的重復序列和GC偏移。微生物基因組測序的完成圖（完成圖要求完整基因組序列，單堿基錯誤率低于十萬分之一，gap數不超過5個）主要有兩條技術路線：第一條是以二代測序（Matepair測序文庫，插入片段3Kb）配合一代測序完成，一代測序主要用于gap的填補；第二條是以三代測序為主配合二代測序。第一條技術路線往往會GC偏移的影響，同時3Kb插入片段有時不夠橫跨重復區域而導致測序結果的不理想，從而增加了測序費用和延長了測序時間。
1. 基因組組分分析：編碼基因預測和注釋、功能分類；重復序列預測；非編碼RNA注釋，包括tRNA，rRNA，sRNA等；
2. 基因島預測：行使相同功能的基因聚集成簇，包括毒力島、抗性島、抗生素島等；
3. 前噬菌體：可整合進基因組的噬菌體序列，常會帶來功能基因；
4. CRISPR：與細菌免疫相關，抵御外來DNA序列；
5. 假基因分析：一般是進化過程中失活的基因冗余拷貝；
6. 進化分析。
圖：前噬菌體預測
本平臺采用的是第二條技術路線，單分子測序（第三代測序技術）平均讀長達到10Kb，基本可以不受重復序列的影響，同時它的建庫無需PCR過程以及測序原理的原因幫助它又很好的克服了GC偏移的影響。三代測序結合二代測序大大提高了測序的效率，基本可在60個工作日內獲得完成圖已經相關的信息分析。
（一）樣品類型
1. DNA；樣品濃度：≥50 ng/ul；樣品總量：>30ug；樣品純度： OD260/280為1.8~2.2，OD260/230≥1.0。
2. 菌體取樣后置于凍存管中并標注，立即液氮速凍，保存于超低溫冰箱中。請盡量使用新制備的樣品且樣品量至少滿足3次以上提取。
（二）樣本運輸
1.DNA樣品置于1.5 ml RNase-free離心管中，管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間，管口使用Parafilm封口，干冰運輸；
2.菌體取樣后置于凍存管中并標注，使用足量的干冰運輸，并且盡量選用較快的郵遞方式，以降低運輸過程中樣品降解的可能性。
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