微生物基因組測序
微生物廣泛存在于自然界中,與人類的生產和生活息息相關。微生物生物多樣性豐富,基因組具有相對較小、重復序列較高、易于突變等特點,因此很必要對微生物進行全基因組測序,而且同動植物相比較在時間和成本上也容易實現。目前,全基因組測序成為微生物遺傳進化、疾病預防控制、生物工程技術等方面重要的研究和開發手段。
眾所周知,基因組測序最主要的難度在于基因組的重復序列和GC偏移。微生物基因組測序的完成圖(完成圖要求完整基因組序列,單堿基錯誤率低于十萬分之一,gap數不超過5個)主要有兩條技術路線:第一條是以二代測序(Matepair測序文庫,插入片段3Kb)配合一代測序完成,一代測序主要用于gap的填補;第二條是以三代測序為主配合二代測序。第一條技術路線往往會GC偏移的影響,同時3Kb插入片段有時不夠橫跨重復區域而導致測序結果的不理想,從而增加了測序費用和延長了測序時間。
1. 基因組組分分析:編碼基因預測和注釋、功能分類;重復序列預測;非編碼RNA注釋,包括tRNA,rRNA,sRNA等;
2. 基因島預測:行使相同功能的基因聚集成簇,包括毒力島、抗性島、抗生素島等;
3. 前噬菌體:可整合進基因組的噬菌體序列,常會帶來功能基因;
4. CRISPR:與細菌免疫相關,抵御外來DNA序列;
5. 假基因分析:一般是進化過程中失活的基因冗余拷貝;
6. 進化分析。
圖:前噬菌體預測
本平臺采用的是第二條技術路線,單分子測序(第三代測序技術)平均讀長達到10Kb,基本可以不受重復序列的影響,同時它的建庫無需PCR過程以及測序原理的原因幫助它又很好的克服了GC偏移的影響。三代測序結合二代測序大大提高了測序的效率,基本可在60個工作日內獲得完成圖已經相關的信息分析。
(一)樣品類型
1. DNA;樣品濃度:≥50 ng/ul;樣品總量:>30ug;樣品純度: OD260/280為1.8~2.2,OD260/230≥1.0。
2. 菌體取樣后置于凍存管中并標注,立即液氮速凍,保存于超低溫冰箱中。請盡量使用新制備的樣品且樣品量至少滿足3次以上提取。
(二)樣本運輸
1.DNA樣品置于1.5 ml RNase-free離心管中,管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間,管口使用Parafilm封口,干冰運輸;
2.菌體取樣后置于凍存管中并標注,使用足量的干冰運輸,并且盡量選用較快的郵遞方式,以降低運輸過程中樣品降解的可能性。
飛凡檢測質檢報告流程:
1、 提供產品資料
2、 工程師根據您品資料的產品推薦合適檢測項目,并給出報價
3、 確認報價沒有問題,然后把樣品送到我們實驗室
4、 支付檢測費用,安排檢測
5、檢測完成,出具檢測報告,郵寄給客戶
咨詢熱線:18018131362
關于飛凡
飛凡檢測致力于打造國內專業的第三方檢測服務公司,不斷優化整合市場檢測資源,飛凡檢測與多家科研院所,如上海同濟大學,蘇州大學,SGS,TUV,以及國內眾多知名的檢測公司進行深度合作,共同為國內制造業服務,為中國的制造業開拓海外市場保駕護航,為我們日常生活的健康安全樹立標桿;公司目前工程師百余人,95%以上是本科以上學歷;我們合作的實驗室通過CNAS,CMA(EZ),所出具的任何一張報告都有CNAS,CMA資質,確保出具的每份報告都具有權威的法律效力。
為什么選擇我們
市場需求和成熟的模式給了我們成功的保證