即基因組從頭測序，是對基因序列未知物種通過測序的方法獲得其全基因組序列?；蚪M從頭測序最早采用的是Sanger測序技術，也就是所謂的一代測序技術，其讀長約1k，相對而言，建庫過程異常繁瑣，耗費周期長，成本較高。隨著二代測序技術的成熟，Illumina Solexa為代表在基因組測序中已經步入主流。相較于一代，Illumina Solexa平臺具有高通量、高準確率以及單位成本低等特點。

　　按照不同動植物的物種特點和基因組復雜程度，基因組可分為簡單基因組和復雜基因組。
　　簡單基因組：主要指重復序列比例低于50%的單倍體或高純合二倍體（雜合率低于0.5%），如大部分的哺乳類動物、鳥類和栽培作物等。
　　復雜基因組：主要指重復序列比例高于50%、或雜合率高于0.5%的二倍體基因組，及多倍體基因組，如大部分林木、水產類和昆蟲等。而根據雜合度、重復序列的比例，二倍體復雜基因組又分為高雜合基因組、高重復基因組等。

基因組拼接組裝統計
　　提供基因組拼接的基本信息，包括原始數據統計、測序覆蓋度統計、Contig N50大小、基因組GC含量等信息。

基因組注釋
　　包括基因預測、基因結構注釋、基因功能注釋（與Nt、Nr、Swiss-Prot、Interpro、GO、KEGG等數據庫進行同源比對）、重復序列分析及ncRNA注釋等。

基因功能分類
　　包括GO富集分析、KEGG通路分析等。

進化分析
　　包括共線性分析，大片段復制分析，物種進化樹

　　應選擇純合或雜合度盡可能小的樣品（雜合度<0.5%）的個體進行基因組測序。
　　植物：需要黑暗無菌條件下培養的黃化苗、組培苗。選擇純合或雜合度盡可能小的樣品（雜合度<0.5%）。
　　動物：應在含脂肪較少的肌肉、血液等部位取樣，盡量選擇同一個體取樣，以減少個體差異性對后續拼接的影響。 樣本的性別決定模式是XY型，則盡量選擇雌性個體（XX型），如果是ZW型，則盡量選擇雄性個體（ZZ型）。