基因組重測序
基因組重測序介紹:
與基因從頭測序不同,全基因組重測序是在已有物種參考基因組序列的基礎上,對該物種的個體進行基因組測序,并和參考序列做比較,進行個體或者群體的差異分析??梢垣@得單核苷酸多態性(SNP)、插入缺失(INDEL)以及結構變異(SV)等信息,實現遺傳進化分析以及重要性狀候選基因的預測,對動植物育種以及人類疾病的研究具有重大的指導意義和產業價值。
推薦SNP變異檢測測序深度在5X以上,SV檢測測序深度在10X以上。
1.樣品類型:基因組DNA;
2.樣品濃度:≥100 ng/ul;
3.樣品總量:≥30 ug;單次文庫制備用量分別為10ug,為保證實驗的順利進行,因此需保證樣品總量大于3次以上的建庫用量(不包括樣品檢測損耗);
4.樣品純度:OD260/280為1.8~2.2;
5.電泳要求:主帶清晰,無降解或輕度降解。(距送樣日最近的電泳結果)
樣品保存與運輸:
1. 基因組DNA樣品請仔細純化,盡量避免污染,并請將所送樣品保留備份;DNA樣品置于1.5 ml無菌離心管中,管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間,管口使用Parafilm封口;
2. 植物組織樣品請盡量選用幼嫩新鮮的,取樣后用錫箔紙包裹并標注,立即液氮速凍,保存于液氮或超低溫冰箱中。動物組織、細胞或菌體取樣后置于凍存管中并標注,立即液氮速凍,保存于液氮或超低溫冰箱中。請盡量使用新制備的樣品;
3. 請將所有樣品集中置于管、盒或袋中,以免散裝導致樣品的丟失。在運輸過程中,最好放在干冰中,時間不要超過72小時,如果利用冰袋運輸,則時間最好不要超 過24小時,盡量選用較快的郵遞方式,以降低運輸過程中樣品降解的可能性。如果條件許可,可在郵寄的箱子上下添加部分棉花,以保證盡量隔絕熱量的傳遞。
1.基因組denovo測序是研究的基礎,重測序可以獲得個體或者群體豐富的信息;
2.與傳統測序方式相比,耗時短,成本低,通量大;
3.與芯片等雜交方法相比,數字化的數據保證結果更準確;
4.隨著越來越多物種基因組序列被解讀,適用范圍越來越大;
5.技術成熟,結果被認可,易于產出高質量文章。
1.測序數據統計及質量評估;
2.SNP檢測及在基因組中的分布;
3.InDel檢測及在基因組的分布;
4.Structure Variation檢測及在基因組中的分布;
5.移碼突變的分布;
6.DNA水平差異基因分析;
7.遺傳進化分析(多樣本);
8.單體型預測(多樣本);
9.全基因組關聯分析(多樣本)。
飛凡檢測質檢報告流程:
1、 提供產品資料
2、 工程師根據您品資料的產品推薦合適檢測項目,并給出報價
3、 確認報價沒有問題,然后把樣品送到我們實驗室
4、 支付檢測費用,安排檢測
5、檢測完成,出具檢測報告,郵寄給客戶
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