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lncRNA測序

作者:小編 更新時間:2022-05-07 點擊數:

        長鏈非編碼RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)是一類轉錄本長度超過 200 nt的 RNA分子,位于細胞核內或胞漿中,不參與蛋白質編碼功能,以RNA形式在多種層面上(表觀遺傳調控、轉錄調控以及轉錄后調控等)調控基因的表達水平,在生命活動中具有重要作用。


        近年來的研究表明,lncRNA 參與了 X 染色體沉默,基因組印記以及染色質修飾,轉錄激活,轉錄干擾,核內運輸等多種重要的調控過程,lncRNA的調控作用也開始引起人們廣泛的關注。哺乳動物基因組序列中 4%~9%的序列產生的轉錄本是 lncRNA(相應的蛋白編碼 RNA的比例是 1%),雖然近年來關于 lncRNA的研究進展迅猛,但是絕大部分的 lncRNA的功能仍然是不清楚的。


        目前高通量研究 lncRNA的主要手段是微陣列芯片技術以及基于 RNA-Seq的高通量測序技術。微陣列技術目前主要只是基于已有序列開展研究工作,而 RNA-Seq技術可針對全部全轉錄本開展研究,一次性可獲得樣本中幾乎全部的 lncRNAs信息,對lncRNAs的類別、功能進行全方位的深入分析。

    

    1. 質檢文件:樣本質檢報告和質控報告;

    2. 測序數據質量評估與處理;

    3. 數據拼接與組裝;

    4. 鑒定已知LncRNA和mRNA,篩選新的LncRNA和mRNA;

    5. 組間差異LncRNA和mRNA篩選;

    6. 差異lncRNA與mRNA共表達網絡分析;

    7. 差異lncRNA和mRNA的GO注釋;

    8. 差異lncRNA和mRNA的Pathway代謝通路注釋;

    9. 差異lncRNA-mRNA的GO富集分析;

    10. 差異lncRNA-mRNA的Pathway富集分析。



    1. 性價比高:最少量樣品,一次測序得到數百萬條序列,單次運行可經濟分析多個樣品;

    2. 文庫優化:采用核糖體去除和鏈特異性文庫構建方案,保留了完整的lncRNA和mRNA序列,以及序列方向性。

    3. 分析結果嚴謹且全面:系統收集lncRNA數據庫用于鑒定已知lncRNA,并設置嚴格的篩選條件用于發現新lncRNA。除已知序列信息的lncRNA,還可預測和研究潛在的lncRNA分子;

    4. 靈敏度高:數字化信號,靈敏度高,可以準確檢測到痕量表達的lncRNA;

    5. 數據量產出大:可一次性獲得樣本中幾乎所有的lncRNA信息,有利于提高后續分析結果的準確性和全面性;

    6. 重復性最好,背景噪音最低,精確度最高。



(一)樣品類型

  1. 總RNA:樣品濃度≥200 ng/μl,樣品總量≥10 μg;樣品純度: OD260/280為1.8~2.2,OD260/230≥1.0,260 nm處有正常峰值。RNA完整性: 電泳檢測28S/18S≥1.5。

  2. 組織:植物組織樣品取樣后用錫箔紙包裹并標注,立即液氮速凍,保存于液氮或超低溫冰箱中;動物組織、細胞或菌體取樣后置于凍存管中并標注,立即液氮速凍,保存于液氮或超低溫冰箱中。請盡量使用新制備的樣品且樣品量至少滿足3次以上提?。ㄆ胀悠?.6 g以上,RNA含量少的花、果實等組織需要加量送);

 

(二)樣本運輸

  1. 總RNA樣品請溶于RNase-free H2O或乙醇中,置于1.5 ml RNase-free離心管中,管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間,管口使用Parafilm封口,干冰運輸;

  2. 植物組織、動物組織、細胞或菌體取樣后置于凍存管中并標注,使用足量的干冰運輸,并且盡量選用較快的郵遞方式,以降低運輸過程中樣品降解的可能性。


(三)飛凡檢測質檢報告流程:

    1、 提供產品資料

    2、 工程師根據您品資料的產品推薦合適檢測項目,并給出報價

    3、 確認報價沒有問題,然后把樣品送到我們實驗室

    4、 支付檢測費用,安排檢測

    5、檢測完成,出具檢測報告,郵寄給客戶

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飛凡檢測致力于打造國內專業的第三方檢測服務公司,不斷優化整合市場檢測資源,飛凡檢測與多家科研院所,如上海同濟大學,蘇州大學,SGS,TUV,以及國內眾多知名的檢測公司進行深度合作,共同為國內制造業服務,為中國的制造業開拓海外市場保駕護航,為我們日常生活的健康安全樹立標桿;公司目前工程師百余人,95%以上是本科以上學歷;我們合作的實驗室通過CNAS,CMA(EZ),所出具的任何一張報告都有CNAS,CMA資質,確保出具的每份報告都具有權威的法律效力。



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