ChIP-seq染色質免疫沉淀測序
轉錄因子以及其他染色質相關蛋白對表觀遺傳有重要的影響。染色質免疫沉淀測序 （ChIP-sequencing，簡稱為ChIP-seq）是一種用于分析蛋白質與DNA交互作用的研究方法。該技術將染色質免疫沉淀 （Chromatin Immunoprecipitation, ChIP）與大規模并行DNA測序結合起來以鑒定DNA與相關蛋白結合的部位，可用于精確定位任意感興趣的蛋白在全基因組上的結合位點，如廣泛的應用于組 蛋白特異性修飾位點、轉錄因子結合位點等的研究。
ChIP-Seq采用特異抗體對目的蛋白進行免疫沉淀，分離與目的蛋白結合的基因組DNA片段，對其進行純化和文庫構建，再通過高通量測序的方法，在全基 因組范圍內尋找目的蛋白的DNA結合位點，從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA片段信息。
1、原始數據產出統計；
2、與基因組比對（需甲方提供參考基因組信息，如hg19）；
3、比上的Reads在基因組各區域的分布;
4、Reads相對TSS(transcript start site)、TTS(transcript terminal site)的depth分布;
5、全基因組Peak Calling；
6、基因組上檢測到的Peak統計分布（峰數目，峰間距，峰寬度等）；
7、每個樣本的檢測到的Peak在基因組各區域的分布情況；
8、提供與樣本Peaks相關的基因列表；
9、Peaks相關基因Gene Ontology功能分類；
10、Case 相對control的差異peaks及其相關基因差異統計；
1. 通量高
2. 分辨率高，精確到單堿基水平
3. 能發現已知啟動子以外的結合區域
1、需提供至少2ng 樣品起始量的ChIP-seq建庫產品，要求ChIP片段長度200-500bp，為保證實驗質量及延續性，請一次提供至少2次樣本制備的量；
2、樣品濃度和純度：基因組DNA樣品濃度>0.5ng/μl；OD260/280介于1.8-2.0，無肉眼可見污染；
3、樣品保存：請選擇乙醇、純水進行保存，并在樣品信息單中注明；
4、樣品運輸：請將樣品置于1.5ml管中，并用封口膜封好。
研究背景
鑒定轉錄因子的靶基因，對于揭示生物體中的調控網絡非常重要。干旱是植物常見逆境脅迫的一種，本研究目的是精確解析植物干旱耐受相關轉錄因子ASR1調控的基因座位點。ASR1是植物界（擬南芥除外）獨有的調節因子，可緩解缺水引起的脅迫。但是ASR1的靶基因仍然不清楚，本文檢測西紅柿中與ASR1蛋白虎作的特殊基因座位點。
研究方法
采用高質量的anti-ASR1抗體，通過CHIP沉淀西紅柿葉片中的DNA、序列，然后進行高通量的DNA測序分析。
研究結果
1.鑒定到新的靶基因庫，其中一些基因明確參與干旱脅迫響應；
2.ASR1富集到的一些基因，編碼細胞壁合成相關蛋白和水通道蛋白；
3.鑒定到超強一致性的ASR1互作DNA元件。
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