全基因組甲基化測序
DNA甲基化是表觀遺傳學（Epigenetics）的重要組成部分，在維持正常細胞功能、遺傳印記、胚胎發育以及人類腫瘤發生中起著重要的作用。Bisul?te處理能夠將基因組中未甲基化的胞嘧啶與甲基化的胞嘧啶區分開來，因此成為表觀遺傳學研究的經典實驗方法。Bisul?te處理與高通量測序技術相結合的測序方法—Bisul?te Sequencing能夠繪制單堿基分辨率的DNA甲基化圖譜。
特定物種的高精確度甲基化修飾模式的分析，為廣泛應用于細胞分化、組織發育等基礎機制研究，以及動植物育種、人類健康與疾病研究奠定基礎。將樣本DNA用亞硫酸氫鈉處理，未甲基化的胞嘧啶被轉變為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶（5mC）則不受影響；而在PCR擴增反應中，尿嘧啶會被DNA聚合酶識別為胸腺嘧啶；最后采用特定的算法將測序所得reads與基因組進行比對就可獲知樣本DNA的甲基化情況。
信息分析
1、Bisulfite-seq數據產出統計： 數據產出總量；C的測序深度統計；基因組覆蓋度統計，全基因組甲基化率統計；
2、計算C堿基的甲基化水平
3、全基因組甲基化水平數據分布趨勢
a）甲基化C堿基中CG, CHG 與CHH的分布比例
不同分布類型的甲基化C位點在不同物種基因組中出現比例不同，因此，各類型mC ( mCG、mCHG和mCHH ) 的位點數目，及其在全部mC的位點中所占的比例 ( 例：mCHG所占比例= mCHG數目/mC的總數 )，在一定程度上反映了特定物種的全基因組甲基化圖譜的特征。
b）CG、CHG和CHH中的所有C的甲基化水平
不同分布類型的C 堿基( CG、CHG和CHH )，其甲基化水平在不同物種間，甚至同一物種不同細胞類型間都存在差異。此圖統計每種類型 ( CG、CHG和CHH ) 甲基化的C甲基化水平的分布。
c）統計不同基因區域內CG、CHG和CHH中C的甲基化水平
對于在不同基因區域CG、CHG和CHH中的C，根據如下的公式統計其平均甲基化水平：平均甲基化水平=100*支持甲基化的reads的數目/總的reads的數目。（如：CG平均甲基化水平=100* 支持CG甲基化的reads/（支持CG甲基化的reads+支持CG非甲基化的reads)
d）CHG，CHH中甲基化C附近的9bp序列的序列特征分析
分析非CG位點的甲基化的C附近堿基的分布情況，統計不同甲基化模式(CHG和CHH)出現的概率。圖形橫軸（x 軸）表示堿基位置，其中第四位上為用于分析C 堿基?？v軸（y 軸）為熵值（0 為最小值，表示四種堿基比例均勻，都為25%，2 為最大值，表示四種堿基分布最不均勻，即只有一種特定堿基出現，如第四位的C 與第六位的G）。
4、全基因組甲基化圖譜
4.1染色體的甲基化分布
選取一條染色體，從染色體水平來描述甲基化C堿基的的分布情況。通過劃窗口的方法來計算每個窗口的甲基化水平，下圖窗口大小為10k。
4.2不同基因組區域的甲基化分布特征
不同的基因組區域具有各自不同的生物學功能，下圖中以柱形圖的形式表示甲基化分布情況，有助于進一步了解這些區域的甲基化圖譜特征。
5、差異性甲基化區域（DMRs）分析
比較兩組樣品間甲基化水平的差異對人類疾病研究、生長發育研究以及生物學的基礎研究都具有重要的意義。這兩組樣品可以是不同類型的個體，可以是同一個體的不同組織，也可以是同一組織在不同時間點的取樣。
5.1基于methyKit的差異甲基化(DMRs)分析
5.2基于BSmooth的差異甲基化(DMRs)分析
5.3DMRs相關基因的GO聚類分析
Gene Ontology（簡稱GO）是一個國際標準化的基因功能分類體系，提供了一套動態更新的標準詞（controlled vocabulary）來全面描述生物體中基因和基因產物的屬性。GO總共有三個ontology（本體），分別描述基因的分子功能（MF: molecular function）、所處的細胞位置（CC: cellular component）、參與的生物過程（BP: biological process）。
技術優勢
生物信息分析
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