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多組學(Multi-omics)研究是探究生物系統中多種物質之間相互作用的方法。隨著微生物組學研究的不斷發展，越來越多的研究者開始將微生物組學與轉錄組學，蛋白組學及代謝組學聯合起來，通過兩種或兩種以上組學研究方法從物種、基因以及代謝產物等水平共同解釋科學問題，更好地理解疾病病變過程及機體內物質的代謝途徑。
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以PacBio公司的RS II和Sequel測序系統為代表的第三代測序技術，通過SMRT單分子實時測序技術（Single molecule real-time sequencing），可以對DNA序列實現單分子級別的超長讀長測序，因而能夠輕易讀取微生物的rRNA基因/ITS全長序列，不受制于短序列的局限性.
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真菌近完成圖測序真菌近完成圖測序是指對基因組序列未知或無近緣物種基因組信息的某個物種，構建不同插入片段的基因組DNA文庫.
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菌群組成譜全長測序研究基于PacBio三代測序平臺，能夠讀取群落微生態系統中微生物的rRNA基因/ITS全長序列，不受制于短序列的局限性，并確保全長序列的測序，從而在種甚至菌株等精細水平，解析菌群多樣性和組成譜
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全長轉錄組測序基于PacBio三代測序平臺的全長轉錄組測序，可直接獲取mRNA全長序列，更為準確地解讀mRNA結構信息，重點關注基因的可變剪切、融合基因等。
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菌群多樣性組成譜測序以細菌 / 古菌 16S rRNA 基因可變區、真菌 18S rRNA 基因可變區或真菌 ITS（Internaltranscribed spacer）內轉錄間隔區等微生物特征序列（Signature sequence）為靶點，通過檢測序列的變異和數量，反映菌群中各類微生物物種的身份和豐度，從而快速...
